Quando estava tentando gerar os certificados do Let’s Encrypt via cPanel para alguns domínios, me deparei com um erro dizendo que o domínio estava apontando para um outro IP que não o do servidor. O LE faz essa verificação para evitar fraudes na geração de certificados.

O problema é que o CloudFlare estava ativado para o domínio e impedindo esta validação.

A solução foi simplesmente desativar o CF clicando na nuvem laranja, tornando-a cinza somente durante a verificação.